Modélisation de données des végétations

Pour une base de données axée sur la phytosociologie et les habitats naturels

Les Conservatoires Botaniques Nationaux (CBN) ont des missions de connaissance, de conservation, d’expertise et d’information du public. Ces missions portent plus particulièrement sur la biodiversité végétale. Naturellement, cela fait tout de suite penser à la flore sauvage… Mais la diversité du végétal ne se résume pas seulement à la flore.

Les habitats naturels et les végétations font également partie de la richesse du patrimoine naturel végétal !

illustration végétale - licence : domaine publique - publicdomainvectors.org

Des outils pour la biodiversité végétale

Pour mener à bien leurs missions, les CBN se munissent de systèmes d’information qui leur permettent de centraliser et de diffuser les données d’observations du végétal. Le CBN Sud-Atlantique dispose de son système d’information : l’Observatoire de la Biodiversité Végétale de Nouvelle-Aquitaine (autrefois nommé OFSA : Observatoire de la Flore Sud-Atlantique).

Cet outil permet notamment de saisir des observations de taxons, de trouver des informations sur des espèces, de consulter des cartes de répartition, d’alimenter le SINP… Et ceci grâce à une application disponible sur le web. Et comme toute application de gestion et de valorisation de données naturalistes, elle s’appuie sur une base de données.

Mais alors, quel était l’objectif de ce projet ? Structurer les données de cartographies d’habitats naturels, les données d’études phytosociologiques et les données de suivi des habitats naturels et des végétations !

En effet, l’OFSA (devenu OBV), était initialement centré sur la flore (les espèces). La biodiversité végétale étant également constituée d’habitats naturels et de végétations (syntaxons), une amélioration de la structuration des données de l’OFSA s’avérait donc nécessaire.

La base de données de la flore était déjà existante. De plus, le CBN et son réseau disposaient déjà d’un outil de cartographie des habitats naturels externe (basé sur QGIS), partagé avec les partenaires naturalistes et institutionnels. Ces deux outils étaient déjà existant -avec leur propre structuration- et ne devaient pas être remplacés.

C’est pourquoi il fallait étendre la base de données du CBN aux données de cartographies d’habitats et de végétations.

Modélisation Conceptuelle des Données

Ma solution :

La modélisation conceptuelle des données des végétations et des cartographies d’habitats !

Une telle modélisation est essentielle pour tout le système d’information. Elle permet de décrire l’ensemble des éléments constitutifs des données ainsi que les liens entre ces éléments.

Cela permet ainsi de comprendre facilement et simplement comment les différents éléments sont constitués et comment ils interagissent entre eux.

Tout ce modèle est pensé pour s’intégrer à la structuration de la base de données existante, et pour être interopérable avec les autres outils utilisés au sein du système d’information.

Cartographies d’habitats et phytosociologie

La modélisation des données de cartographies d’habitats est basée en premier lieu sur la structure de l’outil cartographique déjà utilisé par le CBN et ses partenaires.

Cette structure a ensuite été étendue de manière à s’intégrer dans la base de données globale et d’être liée à ses éléments (observateurs, relevés floristiques…). D’autres éléments nécessaires ont été ajoutés pour la prise en compte de données de gestion des habitats, ainsi que pour les données phytosociologiques et de leur standard SINP.

Ce modèle est alors adapté aux cartographies Natura 2000. et il est également conçu pour être étendu à d’autres types de sites à enjeux environnementaux comme des réserves naturelles ou des Zones Naturelles d’Intérêt Écologique Faunistique et Floristique (ZNIEFF).

MCD Habitats, cartographies et typologies,
version simplifiée

Une grande partie du modèle intègre ainsi les référentiels typologiques des végétations : référentiels national Habref, PVF1, PVF2, Code Corine, EUNIS, le référentiel des végétations sud-atlantique… Et également toutes les correspondances entre les différents référentiels !

Suivis des végétations

La modélisation des données de suivi de végétations est basée sur l’ontologie OBOE (Extensible Observation Ontology).

Cette ontologie (mécanisme permettant de modéliser un ensemble de connaissances dans un domaine donné) sert à décrire les données d’observations et de mesures scientifiques. Elle est plus particulièrement centrée sur la biologie et l’écologie.

Ce modèle permet notamment de conserver un très faible couplage entre les données relatives à un sujet d’étude et les données relatives aux observations qui le concernent (mesures, protocoles, localisations). Le but, à terme, étant de faciliter l’analyse scientifique de ces données de suivi.

MCD Suivis des végétations, version simplifiée

Suite à cette modélisation…

La structuration de ces données m’a notamment permis de normaliser et bancariser des cartographies d’habitats naturels de sites à enjeu environnemental. Elle a également rendu possible la déclinaison d’outils naturalistes tels que des formulaires de saisie des relevés phytosociologiques... Sans oublier la consultation de cartes interactives sur la répartition des habitats et des syntaxons.

Tout cela au sein même de l’application web de l’OBV de Nouvelle-Aquitaine, plateforme thématique Flore-Fonge-Habitats du SINP !

Cette mission a été réalisée au sein du Conservatoire Botanique National Sud-Atlantique.

Vous aussi avez un projet de structuration de données naturalistes ?